27 июня 2011 года решением Священного Синода Русской Православной Церкви (журнал № 67) была образована Душанбинская и Таджикистанская епархия — путём выделения из состава Ташкентской и Среднеазиатской епархии в государственных границах Республики Таджикистан. Одновременно был учреждён Среднеазиатский митрополичий округ, объединивший епархии региона; Душанбинская епархия вошла в его состав.

Епархиальному архиерею Синод постановил иметь титул «Душанбинский и Таджикистанский». Правящим архиереем является епископ Питирим (в миру Константин Викторович Творогов).

Сегодня в составе епархии — кафедральный Свято-Никольский собор Душанбе, приходы в Худжанде (храм св. равноап. Марии Магдалины), Бустоне (храм Иверской иконы Божией Матери), Бохтаре (храм архистратига Михаила), Турсунзаде (Покровский храм), а также военные храмы-часовни: Иверской иконы Богородицы при 201-й российской военной базе в Душанбе и святого благоверного князя Александра Невского при базе ВКС России в Нуреке.