После провозглашения независимости Республики Таджикистан 9 сентября 1991 года православные приходы страны продолжали находиться в составе Ташкентской и Среднеазиатской епархии. В Таджикистане действовало Таджикское благочиние — территориальное объединение приходов под управлением благочинного, назначаемого правящим архиереем Ташкентской епархии.
Становление церковной жизни в независимом государстве пришлось на тяжелейшие годы гражданской войны 1992–1997: значительная часть русскоязычных прихожан покинула страну, приходы сократились, церковное имущество пострадало. Тем не менее богослужения в Свято-Никольском соборе Душанбе не прекращались; благочиние оставалось духовной опорой для тех, кто остался.
После мирного соглашения 1997 года приходская жизнь постепенно восстанавливалась: ремонтировались храмы, возобновлялось духовное просвещение, открывались новые приходы в регионах.